La catalogación de la flora de los jardines del Campus de Las Lagunillas impulsada por el Aula Verde de la Universidad de Jaén entre los años 2009 y 2011, que vio la luz en la publicación Flora Ornamental de la Universidad de Jaén (Salazar & Guerrero, 2012), puso en evidencia que la mayor parte de las plantas que poblaban el campus eran de origen alóctono. Apenas un 31% eran plantas autóctonas, propias al menos de la flora ibérica.
Este fue el germen de la creación de un jardín que estuviera compuesto de forma exclusiva por plantas autóctonas, con la premisa de que fuesen nativas en la provincia de Jaén. A partir del año 2011 comenzó el proyecto de diseño del Jardín de Flora Autóctona de Jaén (JFA), que intentaría representar la rica flora de la provincia, que se calcula contiene 2.170 especies y subespecies, de las cuales 80 son exclusivas (endemismos) en una superficie de alrededor de 1.500 metros cuadrados.